自分の環境(Windows)のクリア
Chrome

chrome://net-internals/#dns

ファイル名を指定して実行…Cmd

ipconfig /flushdns
nslookup example.com 1.1.1.1

ルーター(PR-S300NE)

詳細設定 > DNS設定
IPv6 IPoE通信優先機能 優先しない

これが一番効いた。DNSクエリを「IPv6 IPoE」が優先的に処理してしまうので、いつまで経ってもDNSが切り替わらなかった。